农村土地承包经营权证上土地性质被农林局更改为非基本农田，应首先核实更改的合法性和依据，然后采取相应的法律措施。以下是对此问题的详细分析：
一. 核实更改的合法性和依据
查阅相关法规：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》和《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村土地承包经营权受到法律保护，且国家实行土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地，对耕地实行特殊保护。基本农田更是受到严格保护，禁止擅自改变其使用性质。
审查农林局的更改决定：
- 要求农林局提供更改土地性质的具体法律依据和审批程序文件。如果农林局无法提供充分的法律依据或审批程序存在瑕疵，那么更改决定可能存在问题。
二. 采取法律措施
申请行政复议或提起行政诉讼：
- 如果认为农林局的更改决定不合法或存在不当之处，可以向上一级行政机关申请行政复议，或者直接向人民法院提起行政诉讼。在行政复议或行政诉讼过程中，应提供充分的证据来证明农林局的更改决定存在问题。
寻求专业法律帮助：
- 由于此类案件涉及复杂的法律问题和行政程序，建议寻求专业律师的帮助。律师可以协助你审查相关证据、制定诉讼策略，并代表你进行行政复议或行政诉讼。
三. 注意事项
保留相关证据：
- 在整个过程中，应保留好所有与土地性质更改相关的证据材料，包括但不限于农林局的更改决定、土地承包经营权证、相关法规文件等。
遵守法律程序：
- 在采取法律措施时，应严格遵守法律程序，确保自己的权益得到合法保护。同时，也要尊重行政机关的合法决定，避免采取过激行为。
我的观点是，面对农村土地承包经营权证上土地性质被农林局更改为非基本农田的情况，应首先核实更改的合法性和依据，并据此采取相应的法律措施。在整个过程中，应保留好相关证据并遵守法律程序，以确保自己的权益得到合法保护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。