淘宝没有权利直接扣商家保证金三倍赔偿。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

首先，我们需要明确淘宝作为一个电商平台的法律地位。淘宝是一个提供交易场所和交易服务的第三方平台，它并不直接参与商家与消费者之间的交易。因此，淘宝没有直接的权力对商家进行罚款或扣除保证金作为赔偿。

其次，关于保证金的性质。保证金通常是商家在入驻平台时缴纳的一笔费用，用于保障交易的安全和履行相应的义务。保证金的扣除通常需要依据明确的合同条款或平台规则，并且需要经过一定的程序，如通知、申诉等。

再来看三倍赔偿的问题。三倍赔偿通常是在某些特定的法律情况下，如消费者权益保护法中规定的欺诈行为，由法院或相关机构判决的赔偿方式。淘宝作为平台方，没有权力直接判决商家进行三倍赔偿。

那么，如果商家在淘宝上存在违规行为或侵害消费者权益的行为，淘宝会如何处理呢？通常，淘宝会根据平台规则和合同条款，对商家进行相应的处罚，如警告、下架商品、限制交易等。如果商家的行为构成了侵权或违法，淘宝可能会协助消费者向相关部门投诉或寻求法律途径解决。

综上所述，淘宝没有权利直接扣商家保证金三倍赔偿。如果商家对淘宝的处理方式有异议，可以通过平台提供的申诉渠道进行申诉，或者寻求法律途径解决纠纷。