淘宝店铺从支付宝里扣保证金是否合法，取决于具体的扣款原因和合同条款。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同依据：

   • 淘宝店铺与支付宝之间通常存在服务合同或协议，这些合同或协议中会明确规定保证金的相关条款，包括保证金的缴纳、使用、扣除以及退还等。
   • 如果淘宝店铺依据合同中的约定，在特定情况下（如买家投诉、违规操作等）从支付宝中扣除保证金，且扣款金额、扣款原因均符合合同约定，那么这种扣款行为是合法的。

2. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，依法成立的合同受法律保护。
   • 如果淘宝店铺的扣款行为违反了合同中的约定，或者没有合同依据而擅自扣款，那么这种行为可能构成违约，甚至可能构成侵权，此时扣款行为是不合法的。

3. 实际情况分析：

   • 在实际操作中，淘宝店铺从支付宝中扣除保证金通常是为了保障买家的权益，处理买家投诉或违规操作等问题。
   • 如果店铺确实存在违约或违规行为，且合同中有明确的扣款条款，那么淘宝店铺有权依据合同进行扣款。
   • 但如果店铺没有违约或违规行为，或者扣款金额超出了合同约定的范围，那么店铺可以依法维护自己的权益，要求淘宝平台返还被扣除的保证金。

综上所述，淘宝店铺从支付宝里扣保证金是否合法，需要具体分析扣款原因和合同条款。如果扣款行为有合同依据且符合法律规定，那么是合法的；如果扣款行为没有合同依据或违反了法律规定，那么是不合法的。如果你遇到了相关问题，可以详细向我说明情况，我会为你提供更具体的法律建议。