虚开发票的违法所得应依法予以追缴，不能扣除。具体分析如下：

一. 虚开发票的法律后果

1. 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，违反本办法第二十二条第二款的规定虚开发票的，由税务机关没收违法所得。这意味着，虚开发票所得的收入是违法的，必须被没收，而不能作为合法收入进行扣除。
2. 虚开发票还可能涉及刑事责任。如果虚开的发票金额较大或者情节严重，可能构成犯罪，需要依法追究刑事责任。

二. 违法所得的处理

1. 追缴与没收：一旦查实存在虚开发票的行为，税务机关会依法追缴违法所得，并进行没收。这是法律对违法行为的一种制裁措施。
2. 不能扣除：违法所得作为非法收入，不能在任何合法支出或税收中进行扣除。这是维护税收公平和法制秩序的重要体现。

三. 实际操作中的建议

1. 严格遵守税法：企业和个人应严格遵守税法规定，不得虚开发票或进行其他违法税收行为。
2. 积极配合调查：如果税务机关对某项交易或发票存在疑问，应积极配合调查，提供必要的证据和资料。

我建议，企业和个人应增强税收法律意识，确保所有交易和发票的真实性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。