同一企业的职工双方通过购房协议交易公有住房，购房协议通常是合法有效的。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《民法典》的相关规定，只要合同双方具有相应的民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该合同就是合法有效的。
   • 在公有住房交易中，尽管房屋的部分产权可能属于单位，但职工对其享有的部分产权（如占有权、使用权、有限的收益权和处分权）是可以进行处分的。

2. 公有住房交易的有效性：

   • 公有住房，特别是部分产权的公有住房，在一定条件下是可以进行交易的。职工之间通过购房协议转让公有住房的部分产权，只要符合上述法律条件，就是合法有效的。
   • 交易过程中，双方应明确约定交易的产权比例、交易价格、付款方式等关键条款，并确保这些条款不违反相关法律法规和单位的规定。

3. 单位同意与产权变更：

   • 虽然职工之间可以签订购房协议交易公有住房，但在办理产权变更手续时，通常需要得到单位的同意或配合。因为单位作为公有住房的部分产权人，有权对房屋的转让进行监管。
   • 如果单位同意职工之间的交易，并愿意协助办理产权变更手续，那么购房协议就更容易得到法律的保护和认可。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果单位不同意职工之间的交易，或者交易过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，那么购房协议可能会被视为无效或部分无效。
   • 在这种情况下，双方应根据相关法律法规和单位的规定，协商解决争议或寻求法律救济。

综上所述，同一企业的职工双方通过购房协议交易公有住房，只要符合相关法律法规和单位的规定，且双方意思表示真实、合法，那么购房协议通常是合法有效的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。