申请专利被驳回，起诉专利局的主体应当是专利权人（即申请人）。

一. 专利权人的权利与义务

• 专利权人，作为专利的申请者，在专利申请过程中享有相应的权利，包括在专利申请被驳回时，有权依据法定程序提出复审请求或向法院提起诉讼。

二. 起诉专利局的法律依据与程序

• 根据相关法律法规，当专利权人对专利局作出的驳回决定不服时，可以在规定的时间内（通常是收到驳回决定之日起三个月内）向专利局复审和无效审理部提出复审请求，并缴纳相应的费用。这是专利权人维护自身权益的法定途径。
• 如果复审请求未得到支持，专利权人还可以选择向法院提起行政诉讼，以法律手段维护自己的合法权益。

三. 实际操作建议

• 自行处理：专利权人可以自行通过专利业务办理系统提交复审请求及相关文件。在此之前，需要先办理著录项目变更手续，解除与专利代理机构的委托关系（如果之前委托了代理机构的话）。
• 注意时间节点：务必在收到驳回决定后的三个月内提出复审请求，并缴纳费用，以免错过法定时限。
• 准备充分：在提交复审请求时，应充分阐述自己的观点和理由，并提供相关证据支持，以增加复审成功的可能性。

综上所述，申请专利被驳回后，起诉专利局的主体是专利权人（即申请人）。专利权人应依法行使自己的权利，通过复审或诉讼等途径维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。