被执行人能否代扣所得税后再支付给申请执行人，取决于被执行人是否负有代扣代缴的义务。以下是对此问题的详细分析：

一. 被执行人负有代扣代缴义务时

1. 法律依据：

    - 根据《税收征收管理法》第四条：“法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。”
    - 根据《个人所得税法》第九条第一款：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”
   

2. 处理原则：

    - 如果被执行人确有代扣代缴的义务，则其有权要求从执行款中扣除其已代扣代缴的金额，将扣除代扣代缴金额后的金额支付给申请执行人或者法院执行部门。
   

3. 实例说明：

    - 例如，在劳动报酬支付中，用工单位作为劳动报酬的支付义务方，代扣代缴劳动者的个人所得税系其应履行的法律义务。用工单位代扣代缴的个人所得税款，应视为其履行生效法律文书所确定的给付款项的组成部分，执行法院应将该代扣代缴金额从申请执行标的额中扣除。
   

二. 被执行人非代扣代缴义务主体时

1. 法律依据：

    - 法院执行部门的职责是按照执行依据执行，实现申请执行人的债权。除被执行人系税款代扣代缴义务人的情形外，法院没有义务也没有权力“代扣代缴”。
   

2. 处理原则：

    - 如果被执行人非代扣代缴义务主体，甚至与涉案执行款相关的税款并非需要代扣代缴的税款（甚至涉案执行款不需要交税），而系申请执行人应自行申报的税款，被执行人无权要求从执行款中扣除税款。法院应将执行款全部发放给申请执行人，由申请执行人自行依法纳税。
   

3. 实例说明：

    - 例如，在某一民事执行案件中，被执行人主张其为申请执行人代缴了税款，但经法院审查，该税款并非需要代扣代缴的税款，而是申请执行人应自行申报的税款。法院因此驳回了被执行人的主张，将执行款全额发放给了申请执行人。
   

三. 法院的操作路径

1. 审查被执行人是否负有代扣代缴义务：

    - 法院执行部门应向税务部门发函询问被执行人是否是代扣代缴义务人，以及被执行人是否已履行了代扣代缴的义务。
   

2. 处理代扣代缴金额：

    - 如果税务部门回复被执行人确系代扣代缴义务人且已代扣代缴某金额的税款，则法院执行部门应在被执行人应履行的债务中扣除上述代扣代缴金额。
   

综上所述，被执行人能否代扣所得税后再支付给申请执行人，取决于被执行人是否负有代扣代缴的义务。如果被执行人负有代扣代缴义务，其可以代扣税款后再支付；如果被执行人非代扣代缴义务主体，则无权代扣税款。在实际操作中，法院会根据具体情况进行审查和处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。