当面临有证人作证但被告人不承认的情况时，立案和后续的法律处理是一个多维度且细致的过程。以下是对此问题的详细解答：
一、证人证言的法律价值及审查
证人资格与证言可靠性：
- 法院会首先审查证人的资格，包括其精神状态、作证能力以及与案件的利益关联等。
- 证人证言需要具有客观性、直接相关性和合法性，这样即使被告方不认可，法院也会高度重视并进行深入核实。
证据链的构建：
- 单一的证人证言可能证明力有限，因此需要结合其他证据，如书面记录、实物证据、视听资料等，以构建完整的证据链。
- 证据链的完整性对于清晰展现案件真相至关重要。
二、被告不承认的影响
被告否认不代表证人证言无效：
- 被告方的否认并不直接决定证人证言的法律效力。
- 法院会依据庭审过程中的质询、辩解以及案件所有证据的综合分析来判断证人证言的可信度。
证据充分性的考量：
- 如果证人证言与其他证据相互印证，形成完整的证据链，即使被告不承认，法院也可能依据这些证据作出裁判。
三、法律程序与原则
法定程序与证据规则：
- 证人作证的过程需要符合法定程序，如依法出庭接受询问等。
- 法院会依据相关证据规则，如自由心证和高度盖然性原则，对证人证言进行认定。
民事诉讼中的“高度盖然性”原则：
- 在民事诉讼中，法院会依据“高度盖然性”原则来判断证据是否充分可靠。
- 这意味着，即使被告不承认，但如果证人证言与其他证据相结合，能够形成高度盖然性的证明，法院也可能据此作出裁决。
四、实际操作建议
保留并收集证据：
- 对于证人证言，应尽可能保留其原始形式，并收集其他相关证据以支持证人证言。
寻求专业法律帮助：
- 面对复杂的法律程序，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保护。
综上所述，当有证人作证但被告人不承认时，立案和后续处理需要综合考虑证人证言的可靠性、证据链的完整性以及法律程序与原则。通过细致的证据审查和综合分析，法院将依法作出公正裁决。