关于您提出的“物流小微企业注销后与其签订的合作协议还有效吗”这一问题，我的结论是：一般情况下，物流小微企业在注销后，其法人资格随之消灭，之前签订的合作协议原则上将不再具备法律效力。但具体还需根据以下几种情况来详细分析：

1. 合同明确约定：

   • 如果合作协议中明确约定了在企业注销后合同的效力问题，比如约定注销后合同自动终止或继续有效，那么应当按照合同的约定来处理。

2. 合同性质与目的：

   • 考虑到合作协议的性质和目的，如果合同的履行依赖于企业的持续存在，如物流服务提供等，那么企业注销后，合同目的无法实现，合同自然失效。
   • 如果合同内容不涉及企业特定资质或经营行为，且双方仍有意愿继续履行，那么可能存在一定的协商空间，但需要双方明确确认。

3. 法律法规规定：

   • 根据《民法典》等相关法律法规，企业注销后，其民事权利能力和民事行为能力随之消灭，因此原则上无法再作为合同主体履行合同。

4. 债权债务处理：

   • 企业注销前，应当进行清算，处理完毕所有的债权债务关系。如果合作协议中涉及未履行的债务，应当在清算过程中予以处理。

综上所述，物流小微企业在注销后，其签订的合作协议原则上将不再有效。但具体还需根据合同的明确约定、合同性质与目的、法律法规规定以及债权债务处理情况来综合判断。如果您在实际操作中遇到此类问题，建议详细查看合同条款，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。