扣绩效能否申请劳动仲裁，需具体情况具体分析。

1. 若用人单位扣除绩效有合法依据：如用人单位的绩效考核制度已经明确规定，且符合法律要求，这种情况下，通常不能申请劳动仲裁。因为用人单位有权根据合法的绩效考核制度对员工的绩效进行评估，并据此扣除相应的绩效工资。

2. 若用人单位扣除绩效无合法依据：如用人单位未按照合法程序制定绩效考核制度，或者扣除绩效时无正当理由，这损害了劳动者的合法权益。在这种情况下，劳动者可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求用人单位支付被扣除的绩效工资，并可能获得经济补偿。劳动仲裁机构会审查用人单位的规章制度是否合法、有效，以及扣除绩效的行为是否合理。

为了支持自己的主张，劳动者在申请劳动仲裁前应准备好相关证据，如劳动合同、工资条、绩效考核文件、与绩效扣除相关的沟通记录等。这些证据将有助于证明用人单位扣除绩效的行为是否合法、合理。

综上所述，扣绩效能否申请劳动仲裁取决于用人单位扣除绩效的行为是否有合法依据。若劳动者认为自己的权益受到侵害，应及时咨询专业律师或向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。