一般情况下，有案底不会影响申请劳动仲裁。具体分析如下：

劳动仲裁主要是解决劳动者与用人单位之间在劳动关系中产生的争议，如工资支付、劳动合同解除、加班费用等问题。其重点在于审查双方在劳动权利和义务方面的事实和法律依据。而案底通常是指某人过去的犯罪记录或违法违纪行为记录。

除非案底所涉及的行为与当前的劳动争议存在直接关联，比如因刑事犯罪被追究刑事责任后，用人单位依据法律规定或内部规章制度解除劳动合同而引发的争议，在这种特定情况下案底会作为仲裁考量因素之一。但在绝大多数普通劳动争议案件中，案底与争议焦点并无直接关系，仲裁机构会聚焦于劳动法律关系相关的事实和证据进行裁决。

因此，如果你面临劳动争议，不要因为担心自己的案底而犹豫是否申请劳动仲裁。你可以根据自己的实际情况，整理好相关证据，依法向劳动仲裁机构提出申请，以维护自己的合法权益。