关于“乙方违约时，法院是否会从工程款中扣除相应款项”的问题，我可以给你一个明确的答复，并详细解释相关法律依据和实际情况。

结论前置：乙方违约时，法院确实有可能根据判决从工程款中扣除相应款项，但这取决于具体的合同条款、违约情况以及法院的判决结果。

详细解释：

1. 合同条款的约定：

   • 在建设工程合同中，通常会明确约定双方的权利义务，包括工程款的支付条件、违约责任的承担等。
   • 如果合同中明确规定了乙方违约时，甲方有权从工程款中扣除违约金或损失赔偿，那么法院在判决时会尊重这一约定。

2. 违约情况的判断：

   • 法院会审理查明乙方是否存在违约行为，以及违约的严重程度。
   • 如果乙方确实存在违约，且该违约行为给甲方造成了损失，法院可能会判决乙方承担违约责任，包括从工程款中扣除相应款项以赔偿甲方的损失。

3. 法院的判决结果：

   • 法院在判决时会综合考虑合同条款、违约情况、双方过错程度以及实际损失等因素。
   • 如果法院认为从工程款中扣除相应款项是合理的，且符合法律法规的规定，那么就会作出相应的判决。

4. 实际操作的复杂性：

   • 在实际操作中，工程款的支付和扣除往往涉及多个环节和多方利益。
   • 因此，在处理此类纠纷时，建议双方尽量通过协商或调解的方式解决，以减少不必要的诉讼成本和风险。

综上所述，乙方违约时，法院是否从工程款中扣除相应款项取决于具体的合同条款、违约情况以及法院的判决结果。如果你在此类纠纷中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。