当您发现自己被冒名注册公司并被法院起诉时，这确实是一个严重的问题，但请保持冷静，按照以下步骤来应对：

一、收集证据并报警

首先，您需要尽可能多地收集与冒名注册公司相关的证据，如注册文件、签名样本、交易记录等。这些证据将有助于证明您的身份被冒用。然后，立即向当地公安机关报案，说明情况并提交您收集的证据。如果侵权者的行为对您造成了直接经济损失或对社会公共利益构成严重威胁，公安机关将依法进行调查。

二、向工商部门投诉

接下来，您可以向工商行政管理部门进行投诉，请求其撤销不当的行政许可，并吊销该公司的营业执照。提交您的身份证明、报案回执以及收集到的相关证据，以便工商部门能够尽快处理您的投诉。

三、提起行政诉讼

如果工商部门未能及时撤销公司登记或您认为其行政行为违法并侵犯了您的合法权益，您可以向法院提起行政诉讼。在诉讼中，您需要提供充分的证据证明工商部门的行政行为存在违法之处，并要求法院撤销公司登记的行政许可。

四、提起民事诉讼

除了上述行政途径外，您还可以将实际侵权者（如投资人、注册代理机构）以及被注册的公司作为被告，提起民事诉讼。在诉讼中，您可以要求他们立即停止侵权行为，消除不良影响，并赔偿您因此遭受的经济损失。

五、寻求法律援助

在处理此类复杂案件时，您可能会遇到许多法律难题。因此，建议您寻求专业的法律援助，如咨询律师或寻求法律援助机构的帮助。他们将能够为您提供更具体的法律建议和指导。

总之，被冒名注册公司并被法院起诉是一个复杂且严重的问题。但只要您保持冷静，按照上述步骤逐一应对，相信您能够维护自己的合法权益并解决问题。