撤销农民工工资专用账户通知书应由施工总承包单位签字，并提交至相关部门，通常是人力资源社会保障行政部门和相关行业工程建设主管部门。具体分析如下：

一. 撤销农民工工资专用账户的相关规定

• 根据《工程建设领域农民工工资专用账户管理暂行办法》的相关规定，施工总承包单位在工程项目完工并结清所有农民工工资后，可向相关部门申请撤销农民工工资专用账户。这一过程中，必然涉及提交相关材料，包括撤销通知书。

二. 签字责任主体

• 施工总承包单位签字：由于施工总承包单位是农民工工资支付的责任主体，也是农民工工资专用账户的管理和使用主体，因此，撤销该账户的通知书应由施工总承包单位签字确认。这既是对账户撤销申请的正式确认，也是对农民工工资已结清这一事实的确认。

三. 提交与审核

• 施工总承包单位在签字确认撤销通知书后，需将其提交至相关部门进行审核。这些部门通常包括人力资源社会保障行政部门和相关行业工程建设主管部门，它们将负责审核施工总承包单位提交的撤销申请及相关材料，确保农民工工资已全部结清，并据此决定是否同意撤销农民工工资专用账户。

综上所述，撤销农民工工资专用账户通知书应由施工总承包单位签字，并提交至相关部门进行审核。这是确保农民工工资权益得到保障、规范农民工工资专用账户管理的重要环节。如有进一步需要，您可以继续咨询我。