耕地被村民强占后还在耕地上建房，这样的行为是不合法的。下面我详细为您解释：

1. 违反土地用途管制：

   • 我国实行严格的土地用途管制制度，耕地主要用于农业生产，不得擅自改变用途。村民强占耕地并建房，明显违反了这一制度。

2. 违反耕地保护制度：

   • 耕地是国家的宝贵资源，受到法律的保护。未经批准擅自在耕地上建房，会破坏耕地的耕作层，导致耕地质量下降，甚至丧失耕种能力。

3. 法律后果：

   • 根据相关法律规定，非法占用耕地建房的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋，并可以处以罚款。情节严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

4. 特殊合法情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况，如因国家重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田，或者农村村民在符合宅基地申请条件的前提下，通过一系列法定程序将耕地依法转为建设用地后再建房。但这些都需要经过严格的审批和规划，并非随意而为。

综上所述，耕地被村民强占后还在耕地上建房是违法的。如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议及时向当地自然资源主管部门举报，以维护土地管理秩序和您的合法权益。同时，也提醒广大村民要遵守法律法规，不要擅自改变土地用途，共同保护我们的耕地资源。