法院不直接执行甲方而执行乙方，很可能是因为乙方作为承包方，是直接与农民工建立劳动关系或劳务合同关系的一方，对农民工的工资支付承担直接责任。具体分析如下：

一. 乙方的直接责任

1. 合同相对性原则：根据合同法的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。在工程建设中，甲方（发包方）与乙方（承包方）签订建设工程施工合同，而乙方又与农民工签订劳动合同或劳务合同。因此，当农民工的工资无法得到支付时，他们通常会依据合同相对性原则，首先向乙方主张权利。
2. 乙方的支付义务：乙方作为农民工的直接雇主，有义务按照合同约定或法律规定支付农民工的工资。如果乙方未能履行这一义务，农民工有权向法院提起诉讼或申请仲裁，要求乙方支付工资。

二. 甲方的间接责任

1. 甲方与乙方的合同关系：虽然甲方与乙方之间存在建设工程施工合同关系，但甲方并不直接与农民工建立劳动关系或劳务合同关系。因此，在农民工工资支付问题上，甲方通常不承担直接责任。
2. 甲方的连带责任：然而，在某些情况下，如果甲方存在违法发包、分包或未按照合同约定支付工程款等行为，导致乙方无法支付农民工工资，甲方可能会因此承担连带责任。但这种情况下，甲方承担的是连带责任，而非直接责任，且需要满足一定的法律条件。

三. 法院的执行原则

1. 执行依据：法院在执行过程中，必须依据生效的法律文书（如判决书、裁定书等）进行。如果农民工起诉的是乙方，且法院已经判决乙方支付工资，那么法院将依据该判决对乙方进行执行。
2. 执行对象：在执行过程中，法院通常会选择对判决确定的义务人（即乙方）进行执行。如果甲方并非判决确定的义务人，且没有法律规定或合同约定要求甲方承担直接支付责任，那么法院通常不会直接对甲方进行执行。

综上所述，法院不直接执行甲方而执行乙方，是因为乙方作为承包方和农民工的直接雇主，对农民工的工资支付承担直接责任。如果甲方存在违法行为或连带责任情况，农民工可以通过法律途径追究甲方的责任，但这并不改变乙方作为直接支付义务人的地位。如有进一步需要，您可以继续咨询我。