侵害署名权、保护作品完整权和修改权的认定，主要依据行为是否未经权利人许可且对作品进行了不当的改动或未正确署名。以下是对这三种权利侵害认定的详细分析：

一. 侵害署名权的认定

署名权是著作权人表明自己是作品创作者的身份权。侵害署名权的行为通常表现为：

1. 未经许可不署名：在公开使用或传播作品时，未经著作权人许可，故意不署名或署以他人姓名，误导公众对作品来源的认识。
2. 错误署名：将他人的作品署以自己的姓名，或者将合作创作的作品仅署部分作者姓名，损害其他作者的署名权。

例如，某画家创作了一幅画作，但某出版社在出版该画作时未署该画家的姓名，而是署以了其他画家的姓名，这就构成了对署名权的侵害。

二. 侵害保护作品完整权的认定

保护作品完整权是著作权人保护其作品不受歪曲、篡改的权利。侵害保护作品完整权的行为包括：

1. 歪曲作品：对作品进行歪曲，改变作品原有的思想、观点或感情倾向。
2. 篡改作品：对作品进行删节、增加或其他改动，破坏作品的完整性。

例如，某编剧创作了一部剧本，但某导演在拍摄电影时对剧本进行了大幅度改动，改变了剧本的原有情节和人物设定，这就构成了对保护作品完整权的侵害。

三. 侵害修改权的认定

修改权是著作权人修改或者授权他人修改作品的权利。侵害修改权的行为表现为：

1. 未经许可修改作品：未经著作权人许可，擅自对作品进行修改，破坏作品的原始状态。

例如，某作家创作了一部小说，但某出版社在出版该小说时未经作家许可对小说内容进行了修改，这就构成了对修改权的侵害。

综上所述，侵害署名权、保护作品完整权和修改权的认定，关键在于判断行为人是否未经权利人许可，对作品进行了不当的改动或未正确署名。这些行为都侵犯了著作权人的合法权益，应当承担相应的法律责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。