支付宝网商贷逾期90天后还款并非只冲抵本金，而是会根据实际情况进行费用的扣除，包括逾期利息、罚息等费用，剩余部分才会冲抵本金。具体分析如下：

一. 逾期还款的费用扣除顺序

1. 逾期利息与罚息：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。因此，在逾期90天后还款时，首先会扣除逾期利息和罚息。
2. 其他费用：除了逾期利息和罚息，还可能包括因逾期产生的其他费用，如违约金、滞纳金等，这些费用也会在还款时优先扣除。
3. 冲抵本金：在扣除上述所有费用后，剩余的部分才会用于冲抵本金。

二. 实际案例理解

• 例如，某借款人在支付宝网商贷借款10000元，逾期90天后决定还款，此时除了需要偿还本金10000元外，还需要支付逾期利息、罚息以及其他可能产生的费用。假设这些费用总计为2000元，那么借款人实际需要还款的金额为12000元。在还款时，首先会扣除这2000元的费用，剩余的10000元才会用于冲抵本金。

综上所述，支付宝网商贷逾期90天后还款并非只冲抵本金，而是会先扣除逾期利息、罚息以及其他可能产生的费用，剩余部分才会用于冲抵本金。我建议借款人在逾期后尽快与支付宝网商贷方面进行沟通，了解具体的还款情况和费用明细，以便做出合理的还款计划。如有进一步需要，您可以继续咨询我。