当您起诉后发现企业已经注销，这确实是一个比较复杂的问题，需要根据不同的情况来采取不同的应对措施。以下是一些详细的建议，希望能帮助您更好地处理这个问题：
一、确认公司注销的合法性
首先，您需要确认公司是否经过了合法的清算和注销程序。这通常可以通过查询公司的注销登记文件、清算报告等相关资料来得知。
二、根据不同情况采取应对措施
公司合法清算后注销：
- 如果公司已经完成了合法的清算程序并注销，那么其民事主体资格已经消灭，通常不能以该公司为被告继续诉讼。
- 但是，如果股东未依法履行清算义务，如未在法定期限内成立清算组导致公司财产贬值等，您可以主张股东在损失范围内承担责任，并变更被告为相关股东进行起诉。
公司未经依法清算即注销：
- 如果公司未经依法清算就办理了注销登记，且股东或第三人在注销登记时承诺对公司债务承担责任，那么您可以要求这些股东或第三人承担相应民事责任，并将其追加为被告。
- 在这种情况下，您需要收集相关证据，证明公司注销与您的权益受损之间的关联，以及股东或第三人的承诺和责任。
公司恶意注销以逃避债务：
- 如果公司为了逃避债务而恶意注销，您可以向法院主张相关股东或责任人承担债务清偿责任。
- 法院会根据具体情况，判定相关主体的责任，并可能支持您的诉讼请求。
三、及时收集证据并变更诉讼主体
- 无论哪种情况，您都需要及时收集相关证据，如公司注销登记文件、清算报告、股东承诺等，以证明您的权益受损以及责任主体的责任。
- 同时，您需要根据实际情况及时向法院申请变更诉讼主体，将相关责任主体列为被告，以确保您的诉讼能够顺利进行。
四、寻求专业法律帮助
- 处理这类问题涉及复杂的法律关系和法律规定，建议您寻求专业的法律帮助，如咨询律师或法律顾问。
- 他们可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导，帮助您更好地维护自己的权益。
总之，当您起诉后发现企业已经注销时，不要慌张，而是要根据不同情况采取相应的应对措施，并及时收集证据和寻求专业法律帮助。希望这些建议能对您有所帮助。