当企业连续两年发生工伤时，应分别按照不同流程来处理每次工伤，并确保员工权益得到妥善保障。以下是对此情况的详细解答：
一、每次工伤的即时处理
报告工伤：
- 员工在发生工伤后，应第一时间向所在用人单位报告工伤情况。
工伤认定申请：
- 单位申请：用人单位有责任在事故伤害发生当天，或者职工被诊断、鉴定为职业病之日起30天内，向统筹地区社会保险行政部门提交工伤认定申请。若遇到特殊情况，经过社会保险行政部门批准，申请时间可适当延长。
- 个人申请：若用人单位未按规定时间申请，工伤职工本人、其近亲属或者工会组织可以在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
劳动能力鉴定：
- 一旦工伤被认定，劳动能力鉴定委员会会依据职工的伤残状况进行鉴定，确定伤残等级。
确定赔偿金额：
- 赔偿金额根据伤残等级来确定，包括医疗费、停工留薪期工资、伤残津贴、一次性伤残补助金等各项待遇。
二、连续两年工伤的特殊处理
分别处理：
- 每次工伤都需要按照上述流程分别进行工伤认定、劳动能力鉴定和确定赔偿金额。
赔偿叠加：
- 若两次工伤的伤残等级不同，赔偿一般以较高等级为主来计算。但另一工伤等级对应的相关待遇，在符合规定的情况下也能叠加享受。例如，较高等级确定的伤残津贴，再加上另一等级对应的一次性伤残补助金等。
详细核算：
- 具体的赔偿金额需要根据每次工伤的详细情况来核算，包括伤残等级、医疗费用、停工留薪期等。
三、企业的责任与义务
及时申请：
- 用人单位应确保在规定的30天内为工伤员工申请工伤认定，以保障员工的合法权益。
提供必要支持：
- 在员工工伤期间，用人单位应提供必要的医疗和康复支持，以及停工留薪期间的工资待遇。
预防与改进：
- 用人单位应深入分析工伤发生的原因，采取有效措施预防工伤的再次发生，并持续改进工作环境和安全条件。
综上所述，当企业连续两年发生工伤时，应分别处理每次工伤，并按照规定流程进行工伤认定、劳动能力鉴定和确定赔偿金额。同时，用人单位应承担起相应的责任与义务，确保员工的合法权益得到妥善保障，并努力预防工伤的再次发生。