建筑公司交完罚款后，应进一步配合相关部门的后续工作，并加强内部管理，确保今后的建设项目合法合规。具体处理步骤如下：

一. 配合后续工作

• 建筑公司在交完罚款后，应继续配合相关部门进行后续的监督与检查工作，确保已经采取的改正措施得到有效执行，并消除对规划实施的影响。

二. 加强内部管理

• 1. 完善制度建设：建筑公司应进一步完善内部管理制度，明确建设项目规划、施工、验收等各个环节的规范与要求，确保所有建设项目均符合法律法规和规划要求。
• 2. 加强培训与教育：加强对公司员工的法律意识和规划意识培训，提高员工对合法合规建设的重要性的认识，避免再次发生违法行为。
• 3. 建立自查机制：建立定期自查机制，对公司正在进行的和已完成的建设项目进行自查，及时发现并纠正存在的问题。

三. 关注后续可能的处理

• 如果建筑公司的违法行为涉及其他法律责任，如刑事责任或民事责任，交完罚款后仍需关注并妥善处理这些后续问题。

四. 避免再次违法

• 建筑公司应吸取教训，严格遵守相关法律法规和规划要求，确保今后的建设项目不再出现违法行为，维护公司的良好形象和声誉。

我建议，建筑公司在交完罚款后，不要仅仅停留在缴纳罚款的层面，而应以此为契机，全面提升公司的合法合规建设水平，确保公司的长远发展。如有进一步需要，您可以继续咨询我。