当公安机关立案后发现案件实际为民事纠纷时，一般会按照以下流程处理：

首先，公安机关会尝试进行调解。他们会秉持自愿、合法的原则，积极推动双方当事人和解，以解决矛盾。如果调解成功，会制作协议书，双方签字后由派出所留存。

如果调解不成或一方不接受调解，对于由轻微治安案件引发的纠纷，公安机关会依据相关规定处罚责任人，并告知当事人可以就民事赔偿部分向法院提起诉讼。对于纯民事纠纷，公安机关将不再深入介入，而是引导当事人通过合法途径解决，比如向法院提起民事诉讼。

在整个过程中，当事人需要积极配合公安机关的工作，提供证据以助力纠纷的妥善化解。同时，也可以考虑寻求专业法律人士的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。

此外，值得注意的是，派出所立案本身是有法律效力的，它代表着公安机关基于报案等材料审查后，认为有犯罪情况且需要追究刑事责任的决定。然而，在民事纠纷的处理中，立案并不直接决定纠纷的解决结果，而是需要通过调解、诉讼等合法途径来寻求解决方案。

总的来说，当公安机关立案后遇到民事纠纷时，会先进行调解，调解不成则引导当事人通过法律途径解决。当事人需要积极配合并提供证据，同时也可以寻求专业法律帮助以维护自己的权益。