补充协议违背主合同是否有效，需要根据具体情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 补充协议无效的情形：

   • 根据《民法典》的相关规定，如果补充协议的内容完全依附于主合同存在，如履约细则、付款方式等，且主合同被确认为无效，那么补充协议也将随主合同一并失效。这是因为补充协议作为主合同的补充，其有效性在很大程度上取决于主合同的有效性。

2. 补充协议有效的情形：

   • 然而，如果补充协议具有独立的合同要素，如明确约定了独立生效条款，并且其内容合法有效，不违反法律强制性规定，同时也不存在欺诈、胁迫等情形，那么即使补充协议的内容与主合同有所违背，它仍然可以单独生效。这通常见于结算清理条款、保密条款等，这些条款可能因具有独立性而不受主合同无效的影响。
   • 此外，如果补充协议的签订是当事人真实意思表示，且当事人具有相应的民事行为能力，同时补充协议的内容也不违反公序良俗，那么它同样具有法律效力。

综上所述，补充协议违背主合同是否有效，并非一概而论。在判断时，需要综合考虑补充协议的具体内容、主合同的有效性以及相关法律法规的规定。如果你在实际操作中遇到此类问题，建议仔细审查补充协议和主合同的具体条款，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。