跟总公司签合同付款给分公司是合理的，但需要在合同中明确相关条款，并确保双方协商一致。以下是对这一问题的详细分析：

1. 总公司与分公司的关系：

   • 分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构，不具有企业法人资格，不独立承担民事责任。
   • 分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分。

2. 付款给分公司的合理性：

   • 由于分公司是总公司的附属机构，且在经济上统一核算，因此，在合同中约定由分公司收款是合理的，但前提是总公司与分公司之间已经协商好，并且在合同中明确注明。
   • 合同的诉讼主体仍然是总公司，因为分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。

3. 法律建议：

   • 在签订合同时，应明确约定付款对象、付款方式、付款时间等关键条款，以避免后续产生纠纷。
   • 如果合同中涉及分公司收款，应确保分公司有总公司的明确授权，并且在合同中体现这一授权关系。
   • 在合同履行过程中，如遇到付款问题或其他纠纷，应及时与对方沟通协商，必要时可寻求法律途径解决。

综上所述，跟总公司签合同付款给分公司是合理的，但需要在合同中明确相关条款，并确保双方协商一致。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。