结论前置：男方自愿补偿女方五万元，即使没有写到离婚协议里，以欠条的形式呈现，也有可能是有效的，但这取决于多个因素，包括双方的真实意愿、欠条的内容是否合法合规、是否违背公序良俗等。
详细分析：
有效性分析：
- 真实意愿：首先，男方作出补偿的承诺必须是其真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等情形。如果男方是在自由、自愿的情况下写下欠条，并明确表示愿意补偿女方五万元，那么这一行为通常会被视为有效。
- 内容合法：欠条的内容必须合法，不能违反法律法规的强制性规定，也不能损害国家、集体或第三人的合法权益。同时，欠条的内容也不得违背社会公德和伦理道德。
- 形式要求：虽然欠条没有像离婚协议那样严格的法定形式要求，但为了确保其有效性，欠条应当明确记载补偿的金额、支付方式、支付期限等关键信息，并由双方签字确认。如果可能的话，还可以考虑邀请见证人在场见证，或者通过其他方式（如录音、录像）来固定证据。
可能的无效情形：
- 如果男方在写下欠条时存在欺诈、胁迫等情形，导致欠条并非其真实意愿的表达，那么女方可以依法请求法院撤销该欠条。
- 如果欠条的内容违法或者违背公序良俗，那么该欠条也将被视为无效。
法律建议：
- 为了确保欠条的有效性，建议双方在签订欠条时务必明确记载关键信息，并由双方签字确认。
- 如果可能的话，可以邀请专业的律师或者法律人士对欠条进行审查，以确保其合法性和有效性。
- 在后续履行过程中，如果男方拒绝支付补偿款，女方可以依法向法院提起诉讼，要求男方履行支付义务。
综上所述，男方自愿补偿女方五万元以欠条的形式呈现，其有效性取决于多个因素。为了确保欠条的有效性，建议双方在签订欠条时务必谨慎对待每一个细节，并寻求专业的法律帮助。如果你在这方面有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。