车祸住院期间保险公司查房人不在，并不一定会直接导致拒绝赔偿。下面我详细解释一下这个情况：

1. 查房目的与赔偿关系：保险公司查房主要是为了核实被保险人的实际住院情况、治疗进度以及伤情是否与车祸直接相关。这是保险公司进行理赔审核的一个环节，但并非决定性的唯一环节。即使查房时人不在，只要其他理赔材料齐全、真实，且能证明车祸与伤情之间的直接因果关系，保险公司通常不会仅因此就拒绝赔偿。

2. 理赔材料的重要性：除了查房外，保险公司还会综合考虑其他理赔材料，如交通事故责任认定书、医疗费用发票、诊断证明、住院记录等。这些材料对于证明事故的真实性和损失的合理性至关重要。因此，即使查房时有所遗漏，只要其他材料充分、有力，仍然有可能获得赔偿。

3. 沟通与解释：如果确实因为特殊原因（如紧急治疗、手术等）导致查房时人不在，建议及时与保险公司沟通，说明情况并提供相应的证明。通过积极沟通，可以消除保险公司的疑虑，增加理赔的顺利性。

4. 特殊情况处理：在某些特殊情况下，如被保险人因伤情严重无法配合查房，或者因医院管理原因导致查房未能进行，保险公司通常会根据实际情况进行灵活处理。这时，提供医院的相关证明或说明材料就显得尤为重要。

综上所述，车祸住院期间保险公司查房人不在并不一定会导致拒绝赔偿。关键在于其他理赔材料的齐全性和真实性，以及与被保险公司的及时沟通。如果您在这方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。