《中小企业支付保障条例》一般不溯及既往。以下是对该问题的详细分析：

1. 法律原则：根据法不溯及既往的原则，新颁布的法律或条例通常只对其生效后的行为产生约束力，而不对其生效前的行为产生效力。这是为了保护公民和企业的合法权益，避免因为法律的变化而使其承担不合理的责任或义务。

2. 条例性质：《中小企业支付保障条例》作为一部专门保障中小企业支付权益的法规，其目的在于规范市场行为，保护中小企业的合法权益。因此，该条例在制定时也会考虑到法不溯及既往的原则，以避免对中小企业造成不必要的困扰和损失。

3. 特殊情况：虽然一般情况下《中小企业支付保障条例》不溯及既往，但在某些特殊情况下，如条例中有明确规定对特定情况具有溯及力，或者为了维护公共利益、纠正历史错误等，也可能会对特定情况产生溯及既往的效力。然而，这些情况通常都需要有明确的法律依据和合理的解释。

综上所述，《中小企业支付保障条例》一般不溯及既往，但在特定情况下也可能存在例外。因此，在具体应用中，需要结合条例的具体内容和实际情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律解释，请直接向我咨询。