民办非企业单位在变更清算过程中是可以有负债的。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律法规背景

1. 主要法规：目前，与民办非企业单位清算相关的法律法规主要有《公司法》及其司法解释、《企业破产法》及其司法解释以及《民办非企业单位登记管理暂行条例》等。这些法规为民办非企业单位的破产清算提供了一定的参考和指导作用。

2. 立法现状：尽管有上述法规作为参考，但针对民办非企业单位的特殊性，专门的破产清算制度规定仍然较为缺乏。这导致在实际操作中，民办非企业单位的清算往往依赖于政策性退出、自行解散清算或政府指导清算。

二、清算过程中的负债处理

1. 负债的存在：在民办非企业单位的清算过程中，负债是可能存在的。这包括但不限于应付款项、未偿还的债务等。清算组在清算过程中需要核实并确认这些负债的真实性和合法性。

2. 负债的清偿：清算组在确认负债后，需要按照相关法律法规和清算方案的要求，对负债进行清偿。这可能包括与债权人协商债务重组、偿还债务或按照法定程序进行债务清算等。

3. 清算报告：清算结束后，清算组需要编制清算报告，其中应详细列明资产、负债及净资产情况，以及债权、债务的清理情况和清算结果。如果存在负债，清算报告中应明确说明负债的清偿情况和剩余负债的处理方案。

三、实际操作中的注意事项

1. 合规性：民办非企业单位在清算过程中应严格遵守相关法律法规和清算方案的要求，确保清算过程的合规性和合法性。

2. 透明度：清算组应保持高度的透明度，及时与债权人、债务人等相关方进行沟通，确保清算过程的公开、公正和公平。

3. 专业性：由于清算过程涉及法律、财务等多个领域的知识，建议民办非企业单位在清算过程中寻求专业机构或人员的帮助，以确保清算工作的顺利进行。

综上所述，民办非企业单位在变更清算过程中是可以有负债的。清算组需要按照相关法律法规和清算方案的要求，对负债进行核实、清偿和处理，并确保清算过程的合规性、透明度和专业性。