刑事证据不能仅由内设机构盖章。具体分析如下：

一. 刑事证据的要求

1. 证据合法性：刑事证据必须符合法律规定的形式，且其收集、提取、保管等过程均需符合法定程序。
2. 证据真实性：证据必须真实、客观，能够反映案件的真实情况。
3. 证据关联性：证据必须与案件事实存在关联，能够证明案件的某个方面。

二. 内设机构盖章的问题

1. 内设机构的性质：内设机构通常指单位内部设立的、负责特定事务的机构，它并不具备独立的法人资格，也不能对外独立承担法律责任。
2. 证据的有效性：仅由内设机构盖章的证据，在法律效力上可能存在瑕疵。因为内设机构并非独立的法律主体，其盖章行为可能无法代表单位的真实意愿或法律行为。
3. 实践中的要求：在刑事诉讼中，证据通常需要由具有法律效力的机构或人员出具，并加盖公章或签名以示确认。这些机构或人员通常包括公安机关、检察机关、法院等司法机关，以及具有法定鉴定资质的鉴定机构等。

三. 结论与建议

1. 结论：因此，刑事证据不能仅由内设机构盖章，而应由具有法律效力的机构或人员出具，并加盖公章或签名以示确认。
2. 建议：在收集、提交刑事证据时，应确保证据的合法性、真实性和关联性，并遵循法定的程序和要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。