内设机构盖章的资料能否作为诉讼证据，需分情况讨论：

1. 内设机构具备独立主体资格或得到明确授权
   若内设机构（如分公司、项目部）具备独立民事主体资格（如依法登记的分公司），或其盖章行为已获得公司明确授权（如授权书、公司章程规定），则其盖章的资料可直接作为诉讼证据。此时，该资料的法律效力等同于公司盖章，能够证明相关事实或权利义务关系。

2. 内设机构无独立主体资格且未获授权
   若内设机构（如部门、科室）无独立民事主体资格，且盖章行为未经公司授权，则其盖章的资料可能因“主体不适格”或“越权行为”被质疑效力。但需注意以下例外情形：

   • 表见代理：若相对方有合理理由相信内设机构有权盖章（如长期交易习惯、公司公开文件暗示），可能构成表见代理，资料仍可能被采信。
     
   • 公司事后追认：若公司事后以书面或行为方式认可盖章效力（如履行合同、支付款项），则资料效力可补正。
     
   • 资料内容真实性：即使盖章主体存在瑕疵，若资料内容真实（如记录实际交易情况），法院可能结合其他证据综合认定其证明力。

3. 内设机构盖章资料的证明力审查
   即使资料可作为证据提交，法院仍会审查其真实性、关联性、合法性：

   • 真实性：需通过笔迹鉴定、证人证言等佐证盖章真实性。
     
   • 关联性：资料内容需与案件事实直接相关（如合同履行记录、往来函件）。
     
   • 合法性：盖章行为不得违反法律强制性规定（如无权处分、恶意串通）。

法律建议：

• 若需使用内设机构盖章资料作为证据，建议提前确认其主体资格及授权情况，必要时补充公司授权文件或追认声明。
  
• 若对方质疑资料效力，可结合交易习惯、公司行为等辅助证据证明其合理性。
  
• 涉及重大利益时，建议委托律师对资料效力进行专项论证，降低诉讼风险。

风险提示：
内设机构盖章资料若存在主体或授权瑕疵，可能被对方否认效力，甚至导致己方主张不被支持。因此，在签署或接收此类资料时，务必核实盖章主体权限，避免后续纠纷。