退股协议约定在收到甲方付款后退还股东本金，这一约定本身是合法的。但具体是否合法有效，还需考虑协议的具体内容以及是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 协议内容的合法性：

   • 退股协议是股东之间或股东与公司之间就股东退出公司、转让股权等事宜达成的协议。协议内容应明确、合法，不违反国家法律法规的强制性规定。
   • 约定在收到甲方付款后退还股东本金，是协议双方对退款时间和条件的约定，只要该约定不违反法律法规，就是合法的。

2. 符合公司法规定：

   • 根据《公司法》的相关规定，股东有权转让其全部或者部分股权，并依照法律和公司章程的规定获取相应的股权转让款。
   • 退股协议中的退款约定，实质上是股权转让款支付时间和条件的约定，只要符合《公司法》关于股权转让的规定，就是合法的。

3. 协议的有效性：

   • 退股协议的有效性还取决于协议是否具备法定的形式要件，如协议双方是否具有相应的民事行为能力，协议内容是否真实、合法、有效，以及协议是否经过双方签字或盖章确认等。
   • 只有具备上述要件的退股协议，才能被认定为合法有效的协议。

4. 注意事项：

   • 在签订退股协议时，双方应明确约定退款的具体时间、条件、方式等，以避免后续产生纠纷。
   • 如协议中涉及公司债务、资产分配等复杂问题，建议咨询专业律师进行审查和指导。

综上所述，退股协议约定在收到甲方付款后退还股东本金是合法的，但具体是否合法有效还需考虑协议的具体内容以及是否符合相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。