投标人提出异议，代理公司可以回复。具体分析如下：

1. 异议受理答复主体：

   • 根据相关法律法规，异议受理答复的主体包括招标人和招标代理机构。这意味着，当投标人提出异议时，招标代理机构作为招标活动的参与者之一，有权也有责任对异议进行回复。

2. 异议方式：

   • 投标人可以通过线上或线下方式向招标人（或招标代理机构）提出异议。线上方式通常是通过电子交易系统提交异议，而线下方式则是递交书面异议函和证明材料。无论哪种方式，招标代理机构都应予以回复。

3. 异议提起的条件与回复要求：

   • 投标人在提起异议时，需要满足一定的条件，如异议事项应具体、明确，并附有必要的证明材料。同时，异议应在规定的时间内提出，例如对招标文件有异议的，应在投标截止时间10日前提出。
   • 招标代理机构在收到异议后，应及时对异议进行审查，并在规定的时间内作出回复。回复应针对异议事项进行逐一解答，并说明处理结果和理由。

4. 法律依据：

   • 《中华人民共和国招标投标法》、《中华人民共和国招标投标法实施条例》等法律法规明确规定了投标人提出异议的权利和招标代理机构回复异议的义务。这些法律法规为投标人的异议权和招标代理机构的回复义务提供了法律保障。

综上所述，投标人提出异议时，代理公司可以且应当进行回复。这是招标代理机构作为招标活动参与者的法定责任，也是保障招标活动公平、公正、公开进行的重要环节。如有任何具体异议或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。