医疗机构床位数超过核定数违反了《医疗机构管理条例》第十九条的规定。具体分析如下：

一. 违反的法律法规

1. 《医疗机构管理条例》第十九条：医疗机构改变名称、场所、主要负责人、诊疗科目、床位，必须向原登记机关办理变更登记或者向原备案机关备案。医疗机构床位数超过核定数，即属于改变了床位的情形，但未按照规定办理变更登记或备案，因此违反了此条规定。

二. 相关执法依据及后果

• 根据《医疗纠纷预防和处理条例》第四十七条，医疗机构及其医务人员若违反相关法规，由县级以上人民政府卫生主管部门责令改正，给予警告，并处1万元以上5万元以下罚款。在医疗机构床位数超过核定数的情况下，卫生主管部门可依据此条例对医疗机构进行处罚。

三. 实际案例

• 以杭州市某区卫生监督所对某民营医院的检查为例，该医院核定床位数为160张，但未经变更擅自增设床位至320张，违反了《医疗机构管理条例》的规定，最终被行政机关予以警告，并处罚款2万元。

我建议：医疗机构应严格遵守《医疗机构管理条例》的规定，不得超出核定床位数设置床位。如需增加床位，应按照程序向原登记机关办理变更登记或者向原备案机关备案，以确保医疗活动的合法性和规范性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。