在合同纠纷中，关于第三方付款给甲方和乙方时，是否有先后顺序的问题，这主要取决于合同的具体约定。以下是对这一问题的详细分析：
合同明确约定付款顺序：
- 如果合同中明确规定了第三方付款给甲方和乙方的先后顺序，那么应当按照合同约定的顺序执行。这是合同法的基本原则，即“有约定从约定”。
合同未明确约定付款顺序：
- 如果合同中没有明确约定付款顺序，那么第三方可以根据实际情况，与甲方和乙方协商确定付款顺序。在这种情况下，第三方应当确保付款的公平性和合理性，避免因此产生不必要的纠纷。
- 若协商不成，且合同内容对此无相关条款可参照，一般可依据交易习惯或行业惯例来确定付款顺序。若仍无法确定，则可能需要通过法律途径来解决争议。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如合同存在歧义或约定不明，或者合同内容违反法律法规的强制性规定等，可能需要通过法律解释或法律裁判来确定付款顺序。
综上所述，第三方付款给甲方和乙方时是否有先后顺序，主要取决于合同的具体约定。如果合同中有明确约定，则按照约定执行；如果没有明确约定，则需要根据实际情况进行协商或依据相关法律法规进行处理。因此，在签订合同时，建议各方明确约定付款顺序等相关条款，以避免后续产生不必要的纠纷。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。