遇到土地租赁合同纠纷涉及土地使用权的问题时，处理方式主要遵循以下步骤和原则：
一、纠纷处理方式
协商：
- 双方当事人应首先尝试通过友好协商达成和解协议，明确各自的权利和义务，以解决纠纷。协商过程中，双方应保持冷静、理性，并充分沟通交流。
调解：
- 如协商无果，可以请求相关的调解机构或组织进行调解，如土地管理部门、乡镇人民政府或专业的调解机构。调解人员会依据相关法律法规和政策，对双方进行调解，促使双方达成调解协议。
仲裁：
- 若双方在合同中约定了仲裁条款，或事后达成了仲裁协议，可以向仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，双方应按照裁决履行各自的义务。仲裁作为一种相对快速且专业的纠纷解决方式，常被推荐用于解决复杂的合同纠纷。
诉讼：
- 如果以上途径都无法解决纠纷，当事人可以向人民法院提起诉讼。诉讼是解决纠纷的最终途径，当事人应准备充分的证据，依法维护自己的合法权益。在诉讼过程中，法院将依法审理案件，并作出公正判决。
二、处理原则
有利于土地使用权有偿使用的原则：
- 在处理土地使用权租赁合同纠纷时，应尊重土地的有偿使用原则，确保土地资源的合理利用和流转。
依法保护合同的原则：
- 应当尊重合同双方当事人的意思表示，只要双方当事人的约定不违反法律、政策，不损害国家利益、社会公共利益和他人利益，就应维护合同的法律效力。
公平保护当事人合法权益的原则：
- 不论当事人的主体资格和法律地位如何，其在土地使用权租赁中的合法权益都应得到公平保护。对于利用经济优势进行不正当竞争或转嫁经营风险的行为，应不予保护。
三、特殊注意事项
诉讼时效：
- 出租人与承租人发生纠纷后，向人民法院起诉的时限通常为2年（根据具体法律规定可能有所变化），从当事人知道或应当知道自己的权利受侵害之日起计算。对于延付或拒付租金的纠纷，诉讼时效可能为1年。超过诉讼时效期间起诉的，权利人可能丧失胜诉权。
合同无效认定：
- 法院在审理土地使用权租赁合同纠纷时，应注意审查租赁合同是否违反了法律、法规和土地使用权出让合同的规定。凡违反相关规定的，所签订的土地使用权租赁合同应认定无效。
地上建筑物处理：
- 对于承租人在租赁土地上改建、扩建的建筑物或其他附着物，应根据不同情况进行处理。如承租人在改建、扩建前已征得出租人同意，并双方对产权有约定的，按约定处理；如未经出租人同意擅自改建、扩建的，可能面临拆除或折价归出租人所有的风险。
综上所述，处理土地租赁合同纠纷涉及土地使用权的问题时，应遵循相关法律法规和政策，尊重合同双方当事人的意愿和合法权益，确保纠纷得到公正、合理的解决。