变相减免土地出让金的约定通常应认定为无效。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据明确禁止：

   • 根据《国有土地使用权出让收支管理办法》第十条，明确禁止以任何名义减免土地出让收入，包括“招商引资”、“旧城改造”等名义，以及通过先征后返、补贴等形式变相减免土地出让收入。
   • 《节约集约利用土地规定》第二十二条也规定，禁止以土地换项目、先征后返、补贴、奖励等形式变相减免土地出让价款。

2. 司法实践中的认定：

   • 在多起司法案例中，法院以违反法律规定为由，认定政府与土地使用权受让人所签订的有关减免土地出让价款的协议无效。例如，内蒙古准格尔经济开发区管理委员会与内蒙古春回石头纸有限公司的案例中，法院就因协议内容违反相关规定而判定其无效。

3. 合同无效的法律后果：

   • 如果变相减免土地出让金的约定被认定为无效，那么该约定自始没有法律约束力，当事人不能基于该约定主张权利或履行义务。
   • 在某些情况下，当事人可能需要返还因该约定而获得的利益，或者承担因违反法律规定而产生的法律责任。

4. 特殊情况下的考量：

   • 虽然一般情况下变相减免土地出让金的约定应认定为无效，但在某些特殊情况下，如政府与企业签订的协议中涉及的其他内容复杂且合法，且变相减免的部分并未损害国家利益或社会公共利益，那么可能需要结合具体情况进行更细致的分析和判断。

综上所述，变相减免土地出让金的约定通常应认定为无效，因为这违反了国家关于土地出让金管理的法律规定。在签订相关协议时，当事人应严格遵守法律法规，确保协议的合法性和有效性。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。