针对你提出的问题“没有在商务部备案的品牌导致门店亏损可以索赔吗”，首先我需要明确一点：是否可以索赔，取决于多个因素，包括亏损的具体原因、是否有违法行为涉及、以及是否存在明确的法律关系等。下面我将从几个角度进行详细分析：

1. 品牌备案与亏损的因果关系：

   • 如果门店的亏损是由于品牌没有在商务部备案，且这一备案是经营该品牌所必需的，那么理论上可以认为备案的缺失与亏损之间存在一定的因果关系。然而，这种因果关系需要具体证据来支持，比如因未备案导致的法律处罚、消费者信任度下降等。
   • 如果亏损是由于其他因素，如市场竞争、经营不善等，与品牌备案无直接关联，那么索赔的可能性就较低。

2. 法律责任的界定：

   • 需要考察是否有明确的法律规定，要求品牌必须在商务部备案，以及未备案的法律后果。如果法律明确规定未备案的品牌不得经营，且因此导致的亏损可以追究法律责任，那么索赔就有法律依据。
   • 同时，也要考虑是否有其他相关方（如品牌方、供应商等）对门店的亏损负有责任，以及他们是否存在违法行为。

3. 索赔的途径与证据：

   • 如果确定可以索赔，接下来需要明确索赔的对象和途径。可能是品牌方、供应商，或者是其他相关责任方。
   • 索赔时，必须提供充分的证据来证明亏损与未备案之间的因果关系，以及亏损的具体数额。这包括但不限于财务报表、销售记录、法律处罚通知等。

综上所述，对于“没有在商务部备案的品牌导致门店亏损可以索赔吗”这个问题，不能一概而论。需要具体分析亏损的原因、法律责任的界定以及索赔的途径与证据。如果你有更具体的情况或证据，我可以为你提供更详细的法律建议。同时，我也建议你及时咨询当地商务部门或专业律师，以获取更准确的法律意见。