结论前置：借款合同中部分条款无效，并不意味着整个合同无效，而是该无效部分不影响其他部分的效力。针对您的情况，如果合同中明确区分了500万元借款的来源，并且100万元贷款部分因某种原因被认定为无效，那么通常只有这部分无效，其余400万元的借款条款仍然有效。

详细分析：

1. 合同部分无效的情形：

   • 根据《民法典》的相关规定，合同中的部分条款如果违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在其他导致条款无效的情形（如欺诈、胁迫、显失公平等），那么这些条款将被认定为无效。但部分条款的无效，并不影响合同中其他条款的效力。

2. 贷款部分无效的影响：

   • 在您的案例中，如果100万元的贷款部分因违反相关规定或存在其他无效情形而被认定为无效，那么这部分贷款将不受法律保护，借款人无需偿还这部分款项，出借人也不能要求强制执行。
   • 然而，这并不影响其余400万元借款的合法性。如果这部分借款没有违反任何法律规定，且双方意思表示真实，那么借款人仍然需要按照合同约定偿还这部分款项。

3. 合同整体效力的判断：

   • 要判断整个合同是否无效，需要看合同中是否存在导致整个合同无效的情形，如合同双方均不具备相应的民事行为能力、合同内容违反法律强制性规定且损害社会公共利益等。
   • 在没有这些情形的情况下，仅仅因为部分条款无效，并不能导致整个合同无效。

法律建议：

• 如果您面临合同纠纷，建议首先仔细审查合同条款，确定哪些部分可能无效，并了解无效的具体原因。
• 如果需要，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
• 在未来的合同签订过程中，务必注意遵守相关法律法规，确保合同条款的合法性和有效性。