在合同纠纷中，当违约责任有特别约定和一般约定时，通常特别约定会优先于一般约定适用。以下是具体的分析和解释：
特别约定与一般约定的关系：
- 特别约定：这是指合同中针对特定情况或特定事项所做出的具体约定，通常具有更强的针对性和明确性。
- 一般约定：这是指合同中对于普遍情况或通用事项所做出的约定，通常具有更广泛的适用性。
适用原则：
- 根据合同法的原则，特别约定因其针对性和明确性，通常会被视为对一般约定的补充或修正。因此，在合同执行过程中，如果特别约定与一般约定发生冲突，特别约定将优先适用。
- 这一原则体现了合同法的意思自治原则，即尊重合同双方当事人的真实意愿和约定。
实际案例：
- 假设在一个销售合同中，双方对于交货时间有一般约定为“收到订单后10日内交货”，但在某个特定订单中，双方又特别约定了“因特殊原因，此订单需在收到后5日内交货”。那么，在这个特定订单中，交货时间就应以特别约定的5日为准。
综上所述，在合同纠纷中，如果违约责任有特别约定和一般约定，特别约定将优先于一般约定适用。这是基于合同法的意思自治原则以及特别约定与一般约定的关系所决定的。如果你在实际操作中遇到类似问题，可以直接根据这一原则进行处理。如果有其他合同纠纷相关的问题，也可以随时向我咨询。