法院有权调查被告公司的账本作为证据。

在司法实践中，当涉及诉讼案件且与公司财务状况相关时，法院可以依职权或依当事人申请进行账目查询。这一行为有着严格的程序和要求，通常需遵循法定的审批流程，以确保查询行为的合法合规性。查询的主要目的是为了查明案件事实，如确定公司的财产状况、资金流向、债权债务关系等，从而保障当事人的合法权益得以实现。

具体来说，法院在查询时，会要求公司提供相关账目资料。若公司拒绝或妨碍查询，法院可依法采取强制措施，如责令公司交出账目，对相关责任人员予以罚款、拘留等处罚。通过查询公司账目，法院能够为案件的审理和裁判提供有力依据，使司法裁决更加公正、合理，进而维护法律的权威和社会经济秩序的稳定。

因此，如果被告公司的账本与案件相关，法院是有权进行调查并作为证据使用的。