销售肥料违法所得确实需要被没收。以下是对这一问题的详细解答：

首先，从法律法规的角度来看，《中华人民共和国行政处罚法》第二十八条第二款明确规定：“当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。”这意味着，在违法行为中获得的任何经济利益，除非有特别规定需要退赔给受害者，否则都应被行政机关没收。

其次，针对肥料销售这一具体行为，《肥料登记管理办法》也做出了明确规定。该办法第五条规定：“实行肥料产品登记管理制度，未经登记的肥料产品不得进口、生产、销售和使用，不得进行广告宣传。”如果销售了未取得登记证的肥料产品，就构成了违法行为。而根据《肥料登记管理办法》第二十六条第一项的规定，对于生产、销售未取得登记证的肥料产品的行为，县级以上农业行政主管部门有权给予警告，并处违法所得3倍以下罚款，同时没收违法所得。

以金华市农业农村局处理的一起肥料案为例，该局在执法检查中发现某农资经营部销售的肥料产品未取得登记证，于是依法立案调查，并最终对该经营部作出了警告、没收违法所得以及罚款的行政处罚。这一案例充分说明了销售未取得登记证的肥料产品所面临的法律后果，其中就包括违法所得的没收。

综上所述，销售肥料违法所得是需要被没收的。这是法律法规的明确要求，也是维护市场秩序、保障消费者权益的重要措施。因此，建议所有从事肥料销售的企业和个人都要严格遵守相关法律法规，确保所销售的肥料产品已经取得合法的登记证，以避免不必要的法律风险和经济损失。