客运车辆凌晨2点到5点交通运输部门的处罚依据主要来自于相关法律法规及规范性文件。以下是详细的解释：

结论前置：客运车辆若违反凌晨2点至5点停止运行或实行接驳运输的规定，将依据《中华人民共和国道路交通安全法》、《道路运输条例》等法律法规受到相应处罚，包括罚款、记分等。

详细解释：

1. 法规依据：

   • 根据《道路旅客运输企业安全管理规范》第三十八条第五款规定，长途客运车辆凌晨2时至5时必须停止运行或实行接驳运输。这是为了保障行车安全，减少因驾驶员疲劳驾驶而引发的交通事故。
   • 同时，该规范还规定了其他相关要求，如日间与夜间驾驶时间限制、休息时间规定等，以确保驾驶员有足够的休息和恢复时间。

2. 处罚措施：

   • 对于违反上述规定的行为，《中华人民共和国道路交通安全法》规定，公安机关交通管理部门可对违规运行的客车驾驶员处以20元以上200元以下的罚款，并记3分。
   • 《道路运输条例》则规定，若客运企业违反规定，允许客车在凌晨2点到5点运行，道路运输管理机构有权责令其改正，并处以1000元以上3000元以下的罚款；情节严重的，还可能面临由原许可机关吊销道路运输经营许可证的风险。

3. 特殊情况：

   • 值得注意的是，并非所有客运车辆都受此限制。例如，从事线路固定的机场、高铁快线以及短途驳载且单程运营里程在一定范围内的客运车辆（如广州市内为200公里以内），在确保安全的前提下，可不受凌晨2时至5时通行限制。
   • 此外，对于因特殊情况必须在凌晨2时至5时运行的营运客车，如执行应急保障运输任务等，也有相应的管理规定和审批流程。

总结与建议： 客运企业和驾驶员应严格遵守相关法律法规及规范性文件关于凌晨2点至5点运行管理的规定，确保行车安全。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可直接向我提问，我将竭诚为您解答。