当学校占用农民的耕地时，农民可以通过以下步骤来维护自己的权益：

一、确认占用行为的合法性

首先，农民需要确认学校占用耕地的行为是否合法。这包括审查学校是否有合法的农用地转用审批文件、建设用地批准书等。若学校无法提供这些文件，那么占用行为可能违法。同时，农民也可以咨询当地自然资源部门，核实占用行为是否符合土地利用总体规划。

二、尝试协商解决

在确认占用行为可能违法后，农民可以尝试与学校进行友好协商，明确要求学校停止占用、恢复土地原状及赔偿损失。如果直接协商无果，农民还可以寻求村委会、乡镇人民政府等第三方机构进行调解，以达成和解协议。

三、向相关部门举报投诉

如果协商和调解均无法解决问题，农民可以向当地自然资源部门和农业农村部门举报投诉。自然资源部门将负责查处违法行为，而农业农村部门则将依据职责采取相应措施保护农业资源。在举报投诉时，农民应提供尽可能详细的证据材料，如占用耕地的照片、视频、记录等。

四、寻求法律救济

如果农民对自然资源部门或其他相关部门的处理决定不满，或者协商、调解、举报投诉均无法解决问题，那么农民可以考虑采取法律救济途径。这包括向上一级行政机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。在申请行政复议或提起行政诉讼时，农民需要按照法律规定的程序和要求进行操作，并提供充分的证据材料支持自己的主张。

五、要求民事赔偿

如果学校的占用行为给农民造成了经济损失，如农作物损失、土地恢复费用等，农民可以根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，向人民法院提起民事诉讼，要求学校赔偿经济损失。在提起民事诉讼时，农民需要收集并提供相关证据材料，如土地承包合同、损失清单、证人证言等。

六、持续关注政策动态

最后，农民还应持续关注政府发布的耕地保护政策和法规，明确自身权利依据，增强维权底气。同时，也可以联合其他受影响的耕地权利人共同维权，增加影响力和话语权。

综上所述，当学校占用农民的耕地时，农民应通过确认占用行为的合法性、尝试协商解决、向相关部门举报投诉、寻求法律救济以及要求民事赔偿等途径来维护自己的权益。在整个过程中，农民应保持冷静、理性，依法维权，确保自身合法权益得到有效保护。