自己建设的小型船然后运行收费，如果未经批准，是违法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 船舶运营的相关法律规定

1. 船舶需要合法手续：根据《中华人民共和国水路运输管理条例》的相关规定，从事水路运输的船舶必须持有合法的船舶营运证件，且必须经过船舶检验和登记。未经批准，不得擅自从事营业性运输。

2. 安全标准与监管：自己建设的小型船在安全性、技术性能等方面可能无法达到国家规定的标准。未经相关部门检验和批准，这样的船舶运行收费存在极大的安全隐患，也不符合国家对水路运输的监管要求。

二. 违法后果

1. 行政处罚：如果擅自运营收费，可能会面临交通主管部门的行政处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得等。

2. 安全风险：未经批准和检验的船舶在运行过程中容易发生安全事故，不仅危及乘客的生命财产安全，也可能给运营者带来巨大的经济损失和法律风险。

三. 建议与合规途径

1. 办理合法手续：如果你打算运营船舶并收费，应该首先向相关部门咨询并办理合法的营运证件，确保船舶符合国家规定的安全和技术标准。

2. 遵守法律法规：在运营过程中，应严格遵守国家关于水路运输的各项法律法规，确保船舶的安全运行和乘客的合法权益。

我的观点：自己建设的小型船在未经批准的情况下运行收费是不合法的。为了避免法律风险和安全隐患，建议你先办理合法的营运证件，并遵守国家关于水路运输的各项规定。如有进一步需要，你可以继续咨询我。