城市里夜晚施工噪音主要由城管部门、环保部门和公安机关共同管理。遇到深夜施工噪音扰民的情况，居民有权向相关部门投诉以维护自身合法权益。以下是各部门的具体管理权限及居民应采取的应对措施：

1. 城管部门：

   • 负责对社会生活噪声污染和建筑施工噪声污染进行监督管理。
   • 若深夜施工未办理夜间施工许可，或施工过程中噪音超过规定标准，城管部门有权查处，并责令停止违法行为、限期整改，以及处以罚款。

2. 环保部门：

   • 对环境噪声污染防治实施统一监督管理，并监测施工场地的噪声水平。
   • 若施工噪音违反国家规定的环境噪声排放标准，环保部门可依法对施工单位作出处罚，要求其采取降噪措施。

3. 公安机关：

   • 虽然不直接管理施工噪音，但若噪音严重影响居民生活秩序，公安机关可介入处理。
   • 对于在城市市区噪声敏感建筑物集中区域内使用高音广播喇叭等行为，公安机关有权给予警告并处罚款。

居民在遇到深夜施工噪音扰民时，应先尝试与施工单位沟通，要求其降低噪音或停止施工。若沟通无果，可向当地的城管热线（如12319）、环保热线（12369）或直接拨打110进行投诉。根据《中华人民共和国环境噪声污染防治法》的相关规定，任何单位和个人都有权向环境保护行政主管部门或其他依法行使环境噪声监督管理权的部门举报造成环境噪声污染的单位和个人。