关于农贸市场摊位费一次性收费三年是否合法的问题，需要从多个角度进行分析。

1. 法律法规角度：

   • 根据相关法律法规，农贸市场的收费行为本身具有合法性，但前提是必须得到物价监管部门的许可。这意味着，如果农贸市场想要收费，包括摊位费，都需要先获得相关部门的批准。
   • 摊位费的具体收费方式和标准，如一次性收费三年，并不在政府指导或政府定价范围内，而是实行市场调节。这意味着，市场管理者可以根据市场情况自行决定收费方式和标准，但前提是必须明码标价，且收取的价格不得超过标价。

2. 合同角度：

   • 商家与市场管理者之间通常会签订租赁合同，明确双方的权利和义务，包括摊位费的支付方式和标准。
   • 如果合同中明确约定了摊位费可以一次性收费三年，并且商家在签订合同时对此没有异议，那么这种收费方式在合同层面上是合法的。

3. 合理性角度：

   • 虽然法律法规和合同层面可能允许一次性收费三年，但从合理性的角度来看，这种收费方式可能会给商家带来较大的经济压力，特别是在当前经济环境下。
   • 因此，市场管理者在制定收费方式和标准时，应充分考虑商家的承受能力和市场情况，确保收费方式的合理性和公平性。

综上所述，农贸市场摊位费一次性收费三年在法律法规和合同层面上可能是合法的，但具体是否合法还需要考虑物价监管部门的批准情况、合同的具体约定以及收费方式的合理性。如果商家对此有异议，建议与市场管理者进行协商，或者向相关部门进行投诉和咨询。同时，也建议市场管理者在制定收费方式和标准时，充分考虑商家的实际情况和市场情况，确保收费方式的合法、合理和公平。