采购代理机构拒绝有关部门依法实施监督检查，将被责令限期改正，给予警告，并可以并处罚款。具体分析如下：

一. 罚款的法律依据

• 依据《中华人民共和国政府采购法》第七十一条规定，采购代理机构拒绝有关部门依法实施监督检查的，将被责令限期改正，给予警告，并可以并处罚款。这表明，拒绝监督检查是违法行为，将受到法律的制裁。

二. 罚款的具体实施

• 罚款的具体数额和情节严重程度相关，通常由行政主管部门或有关机关根据实际情况决定。在作出罚款决定前，会依法进行立案、调查、审查等程序，确保罚款决定的合法性和公正性。

三. 对直接负责人员的处理

• 除了对采购代理机构进行罚款外，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，也会由其行政主管部门或有关机关给予处分，并予通报。这体现了法律对违法行为的全面追责。

四. 罚款后的后续监督

• 罚款决定作出后，还会进行事后监督，公开处罚结果，并将相关资料归档保存。这既是对违法行为的震慑，也是对执法公正性的保障。

我建议，采购代理机构应严格遵守相关法律法规，积极配合有关部门的监督检查，确保政府采购活动的合法性和规范性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。