以公司名义发论文收取版面费是合法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 版面费收取的合法性

• 版面费是指在国家新闻出版总署批准的正规期刊上发表的论文，经录用后，需要向作者收取的出版手续费。这是期刊运营过程中的一种常见收费项目，用于维持期刊的正常运作。
• 根据国家新闻出版总署的相关规定，期刊社在运营过程中，考虑到成本，可以根据具体情况向作者收取一定的论文编审费和版面费。因此，从法律角度来看，收取版面费是合法的。

二. 公司名义发表论文的合法性

• 从著作权法的角度来看，论文属于知识产权范畴，其作者享有著作权。然而，公司作为法人，其员工或代表在符合法律规定和公司内部规章制度的前提下撰写的论文，公司是有权发表或授权发表的。这意味着，如果公司以自己的名义发表其员工或代表撰写的论文，并因此收取版面费，这一行为在著作权法上并不构成违法。
• 需要注意的是，公司在发表论文时应确保论文内容的合法性和真实性，避免涉及抄袭、剽窃、造假等学术不端行为。同时，如果论文涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等敏感信息，公司在发表前需要确保已经获得了相关权利人的授权或同意，并采取了必要的保密措施。

三. 代发论文的合法性

• 如果公司代为发表论文并收取版面费，这一行为在法律上并不直接构成违法，但前提是公司必须确保代发的论文内容合法、真实，并且代发过程中不存在欺诈、虚假宣传等不当行为。
• 然而，如果公司未经许可擅自从事论文代发业务，或者通过虚构事实、隐瞒真相的方式骗取客户财物，那么这些行为可能触犯相关法律法规，如非法经营罪或诈骗罪。

综上所述，以公司名义发论文收取版面费本身是合法的，但公司必须确保论文内容的合法性和真实性，并遵守相关法律法规和学术规范。如有进一步需要，您可以继续咨询我。