在建设工程案件中，司法鉴定是一个至关重要的环节，它涉及申请流程、举证责任、鉴定材料的确定以及工程造价司法鉴定与工程竣工结算审核的区别等多个方面。以下是对这些关键点的详细解析：

一. 司法鉴定申请流程

1. 申请提出：根据《建工合同争议案件司法解释(一)》之规定，当相关部门认为争议事件需要借助司法鉴定，或当事人认为司法鉴定能提供有力证据时，可由当事人向相关部门提出司法鉴定申请，并提交相关证据材料。
2. 审核与决定：相关部门将审核申请人的资格、鉴定事项的合法性及必要性，并决定是否准许鉴定。
3. 鉴定机构与人员的确定：若准许鉴定，当事人需在指定期限内协商确定具备资质的鉴定机构和鉴定人员；协商不成时，由相关部门指定。
4. 鉴定与质证：鉴定完成后，鉴定人出具鉴定意见，当事人可在庭审中进行质证和辩论。
5. 裁判作出：相关部门将审查鉴定意见是否采信，并依法作出裁判。

二. 举证责任的确定

1. 合同关系成立与生效的举证：主张合同关系成立并生效的一方，需对合同订立和生效的事实承担举证责任。
2. 合同关系变动的举证：主张合同关系变更、解除、终止的一方，需对合同关系发生变动的事实承担举证责任。
3. 其他方面的举证：如主张工程量增加或减少、工程质量问题等，均需由相应当事人承担举证责任。

三. 鉴定材料的确定建议

1. 全面收集：相关部门应通过多种方式全面收集鉴定材料，确保材料的完整性。
2. 质证环节：组织当事人双方对鉴定材料进行质证，确保材料的合法性、关联性和客观性。
3. 专业知识应用：相关部门与鉴定单位需加强建筑工程方面的专业知识，以便对鉴定事项和待证问题进行准确判断。

四. 工程造价司法鉴定与工程竣工结算审核的区别

1. 鉴定范围不同：工程造价司法鉴定是在诉讼过程中进行，而工程竣工结算审核是在竣工验收后进行。
2. 工作内容不同：工程造价司法鉴定是法院委托专业机构进行鉴定，工程竣工结算审核则是由审价人或委托审价机构进行审核。
3. 成果表现形式不同：工程造价司法鉴定的结论是具有法律效力的专业性意见，而工程竣工结算审核结果则是对竣工结算资料的审核和计算。

我建议在建设工程案件中，当事人应充分了解司法鉴定的相关知识，以便在争议发生时能够正确地申请司法鉴定、承担举证责任，并有效地参与鉴定过程。如有进一步需要，您可以继续咨询我。