被告预付款付了29万，还有一万元未付，原告不能以此为由不予发货，除非合同中有明确约定。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合同履行与预付款的关系

1. 预付款的性质：预付款是买方在交货前预先支付的一部分款项，通常用于表示买方的诚意和确保交易的顺利进行。然而，预付款并不等同于全额付款，也不意味着买方已经完成了其全部的付款义务。
2. 合同的履行原则：根据《合同法》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果合同中明确规定了发货的条件，如“全款付清后发货”，那么原告在被告未全额付款前有权拒绝发货。但如果合同中没有这样的明确约定，原告就不能仅凭被告未付清全款就拒绝发货。

二. 合同中的约定对发货的影响

1. 有明确约定的情况：如果合同中明确规定了“预付款后发货”或“全款付清后发货”等条款，那么原告应严格按照合同约定执行。在被告未满足合同约定的付款条件时，原告有权拒绝发货。
2. 无明确约定或约定不明的情况：如果合同中没有明确约定发货与付款的具体关系，或者约定不明确，那么原告在被告已经支付了大部分款项（如本例中的29万）的情况下，通常应履行其发货义务。此时，原告可以通过其他方式（如催款通知、法律诉讼等）来追讨剩余的款项。

三. 实际操作的建议

1. 查看合同条款：首先，原告应仔细查看合同条款，确定是否有关于发货与付款的具体约定。
2. 沟通协商：如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，原告可以与被告进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
3. 法律救济：如果协商无果，原告可以通过法律途径来维护自己的权益。例如，可以起诉被告要求支付剩余的款项，并请求法院判决被告承担违约责任。

综上所述，除非合同中有明确约定，否则原告不能仅凭被告未付清全款就拒绝发货。我的观点是，在合同没有明确约定的情况下，原告应履行其发货义务，并通过其他方式来追讨剩余的款项。如有进一步需要，您可以继续咨询我。